Le Musée national d'histoire naturelle et des sciences -- MUHNAC, avec un h muet -- fait partie d'une unité spécialisée des services centraux de l'université de Lisbonne appelée « Musées de l'université de Lisbonne/Institut de recherche scientifique tropicale ». Cette unité est responsable de la gestion, de la préservation et de l'accès public de trois centres importants du patrimoine scientifique à Lisbonne :
- le centre de Príncipe Real : MUHNAC et le jardin botanique de Lisbonne
- le centre de Belém : le jardin botanique tropical
- le centre d'Ajuda : l'Observatoire astronomique de Lisbonne
La mission du MUHNAC est de promouvoir la curiosité et la compréhension publique de la nature et de la science, en rapprochant l'université de la société. Cette mission est réalisée par la valorisation de ses collections et du patrimoine universitaire, la recherche, les expositions, les conférences et d'autres initiatives de nature scientifique, éducative, culturelle et de loisir.
Le musée fait partie du réseau des musées portugais depuis 2002. Il est membre institutionnel de l'Association portugaise des jardins historiques, de Botanic Gardens Conservation International (BGCI) et d'Universeum -- Réseau européen du patrimoine universitaire.