El Museo Nacional de Historia Natural y de la Ciencia -- MUHNAC, con h muda -- forma parte de una Unidad Especializada de los Servicios Centrales de la Universidad de Lisboa denominada «Museos de la Universidad de Lisboa/Instituto de Investigaciones Científicas Tropicales». Esta unidad es responsable de la gestión, conservación y acceso público de tres importantes centros del patrimonio científico de Lisboa
- el centro sede de Príncipe Real: MUHNAC y Jardín Botánico de Lisboa
- el centro de Belém: Jardín Botánico Tropical
- el centro de Ajuda: Observatorio Astronómico de Lisboa
La misión del MUHNAC es promover la curiosidad y la comprensión pública de la naturaleza y la ciencia, acercando la universidad a la sociedad. Esta misión se realiza a través de la valorización de sus colecciones y del patrimonio universitario, la investigación, exposiciones, conferencias y otras iniciativas de carácter científico, educativo, cultural y de ocio.
El Museo forma parte de la Red Portuguesa de Museos desde 2002. Es miembro institucional de la Asociación Portuguesa de Jardines Históricos, de Botanic Gardens Conservation International (BGCI) y de Universeum -- European University Heritage Network.